Сотрудничество АО “Балт АГП” с Институтом природопользования, территориального развития и градостроительства Балтийского федерального университета имени Иммануила Канта (правопреемник географического факультета КГУ) началось на заре становления предприятия, в 1980-х годах. Сегодня взаимодействие проводится в различных отраслях – производственные практики, совместное выполнение научно-исследовательских работ, профориентационные мероприятия. В январе 2018 года получено Благодарственное письмо Геннадия Михайловича Федорова, директора института.
Среди важнейших совместных проектов предприятия и института – подготовка к выполнению грантов РГО и РФФИ, а также создание Ресурсного центра практической подготовки в сфере геодезии, картографии и фотограмметрии на базе предприятия.
